Q.managed-schema.xmlファイルはアプリケーションに合わせて変更できますか？

はい、managed-schema.xmlファイルはアプリケーションに合わせて変更できます。たとえば、企業内検索と商品検索ではあつかうデータ構造が異なりますので、それぞれの業務で適切なスキーマ設定を行い、managed-schema.xmlファイルにその設定を反映します。